Das INM wird von einer dreiköpfigen Geschäftsführung geleitet, bestehend aus zwei wissenschaftlichen und einem kaufmännischen Geschäftsführer.
Forschung und Entwicklung am INM erfolgen in wissenschaftlich unabhängigen Forschungsabteilungen und Forschungsgruppen.
Der Technologietransfer wird durch das InnovationsZentrum INM vorangetrieben, das mit seiner Expertise und Ausstattung die Skalierung von Forschungsergebnissen bis hin zu Prototypen und Demonstratoren ermöglicht. Unterstützt wird die wissenschaftliche Arbeit durch hochmoderne Core Facilities, Servicegruppen (SGs), die zentrale Verwaltung und das Facility Management.